GFP – Green Fluorescent Protein

Tra le applicazioni dell’ingegneria proteica c’è la possibilità di generare delle proteine di fusione. Queste sono generate dalla fusione della sequenza codificante per una proteina di interesse con la sequenza codificante per un tag, che può essere un peptide o anche una proteina e può essere inserito all’N o al C terminale della proteina d’interesse. Esperimenti che sfruttano questi tag possono avere scopi differenti. Ad esempio è possibile purificare la proteina di fusione sfruttando un anticorpo che riconosca in maniera specifica il tag, oppure utilizzarne uno che influenzi la stabilità e la solubilità di quella proteina. In questo variegato  panorama di peptidi e proteine ne spicca sicuramente una, che in basa alla sua peculiare capacità di essere fluorescente ha cambiato il modo osservare e studiare diversi fenomeni – la GFP.

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CASP – Critical assessment of protein structure prediction

Conoscere la disposizione spaziale degli atomi che costituiscono una proteina è di fondamentale importanza per determinarne la struttura tridimensionale. Tali strutture vengono depositate in archivi quali la Protein Data Bank  (PDB) deputati al mantenimento e alla fruizione delle strutture tridimensionali delle macromolecole biologiche. Fondata nel 1971 presso i Brookhaven National Laboratories, la PDB è oggi curata dal Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (1) e presenta strutture risolte mediante tecniche di cristallografia, risonanza magnetica nucleare e microscopia elettronica (2).

Delle oltre 140.000 strutture depositate all’interno del database, circa il 90% sono state risolte utilizzando la cristallografia a raggi x. Queste strutture sono state fondamentali per comprendere i meccanismi alla base del funzionamento degli enzimi, ma anche per sviluppare delle molecole che modulassero tali meccanismi grazie ad approcci del tipo structure based drug design (£) (SBDD), che utilizzano tecniche di disegno di farmaci per identificare potenziali composti, basandosi sulla conoscenza della struttura del recettore (1).